Les policiers et les soldats d’élite du groupe spécial de recherche, arrivés à Medellín le 22 juillet 1992, réalisèrent près de 20 000 perquisitions. Selon la revue colombienne Semana, sa mort aurait été le résultat d’une vaste opération américaine, dénommée Heavy Shadow (Ombre pesante), qui « mobilisait des équipes de la CIA, de la DEA, du FBI et de la NSA », c’est-à-dire, tous les services fédéraux de sécurité américains. Cette opération « a coûté en fonds secrets, charges de personnels et armes, plusieurs centaines de millions de dollars », dans la ville et dans toute sa région, très boisée et accidentée, où le parrain possédait de très nombreuses propriétés.

Mais de nombreux autres groupes et personnages étaient aussi sur ses traces :

les tueurs à gages du cartel de Cali qui avaient eu avec le cartel de Medellín de nombreux règlements de comptes sanglants pour la prééminence de la livraison de drogue ;
les mercenaires américains, israéliens et autres, alléchés par la prime de plusieurs millions de dollars US offerte par le gouvernement et les organismes anti-stupéfiants américains ;
les nombreux proches et familles des « collaborateurs » qu’il avait fait tuer, et tous ceux qui avaient réussi à détourner l’argent du crime par millions de dollars.
Début 1993, un nouveau groupe paramilitaire terroriste « Los Pepes » apparaît, décidé à éliminer Pablo Escobar et le cartel de Medellín, et fait régner la terreur sur la ville. Los Pepes est l’acronyme pour « PErseguidos por Pablo EScobar ». C’est une milice privée qui va lutter contre Escobar avec les mêmes armes qu’il utilise, c’est-à-dire le crime et les attentats. Et qui va grandement aider le gouvernement américain.

Après des mois de travail, l’équipe de surveillance du bloc de recherche, réussit un jour à repérer Pablo Escobar dans le quartier de Los Olivos. Contrairement à son habitude, il avait longuement et imprudemment téléphoné à sa femme et à son fils Juan Pablo, dans un hôtel de Bogota.

Le commandant Hugo Martínez, à l’aide d’un écran de visualisation de signal de communication, était parvenu devant un pâté de maisons. Mais, plutôt que de faire encercler le quartier, il préféra l’attente, l’infiltration et la surveillance.

« Scrutant les fenêtres des maisons, une à une, le commandant Hugo Martínez aperçut à l’une d’elles, un homme corpulent qu’il identifia comme étant Pablo Escobar. Ayant alerté le quartier général local de la PNC (Police Nationale Colombienne), il fut rejoint par un commando. Le plan d’alerte se termina par l’assaut et la mort du parrain alors qu’il tentait de fuir par le toit. Le seul homme de confiance qui ne l’avait jamais trahi et qui le suivit jusqu’à la mort fut son bras droit, un nommé Limon qui était dans la maison lorsque Pablo Escobar fut tué.

Limon a été le premier à se faire tuer. Tirant sur les policiers qui avaient encerclé la maison où se trouvait Pablo Escobar, Limon a été atteint de plusieurs projectiles, alors qu’il courait d’un toit pour se réfugier sur un autre toit. Pablo Escobar savait qu’il y avait plusieurs membres de l’autorité qui l’attendaient dehors sur le toit et il entendait les policiers monter les escaliers pour atteindre l’étage où il se trouvait dans la maison. Il n’a pas eu d’autre choix que de sortir en courant et tirer sur tout ce qu’il voyait. Il fut atteint exactement de 12 projectiles dans le corps. Une fois mort étendu sur le toit, les militaires de l’armée colombienne prirent une photo de lui pour montrer leur fierté comme si le corps de Pablo Escobar était un trophée. Deux policiers colombiens qui ont participé à l’opération, ont coupé les deux pointes de la moustache de Pablo Escobar en signe de souvenir et ont laissé son visage avec une moustache du style de celle d’Hitler.

Plus tard, le coroner écrivit que Pablo Escobar était décédé d’un projectile qui l’avait atteint à la tête. Mais la confusion vint quand le coroner annonça que ce même projectile qui l’avait atteint derrière l’oreille était le même que ceux du fusil qu’il tenait dans la main. La conclusion pourrait être ce que Pablo Escobar disait souvent : « Je préfère une tombe en Colombie qu’une cellule de prison aux États-Unis et que jamais l’autorité ne mettra fin à ma vie »… Un suicide serait donc à l’origine de son décès. Il se serait tiré lui-même une balle derrière l’oreille droite alors qu’il courait en traversant le toit pour passer du toit de la maison à un toit d’une maison voisine.

Quelques minutes plus tard, sa mère se rendit sur les lieux pour voir d’elle-même si c’était vraiment son fils qui venait d’être tué. À première vue, elle remarqua le corps ensanglanté de Limon par terre devant la maison et cria : « Imbéciles, vous n’avez pas tué mon fils, ce n’est pas lui ! », mais lorsqu’elle monta sur le toit, elle tomba en larmes à la vue du corps de celui qui fut le plus grand baron de la drogue. »